Têm apresentações clínicas bem diferentes, flutuando entre quadros de dor ao urinar, ardência e aumento na frequência de micção, caracterizando as cistites, até quadros de sepse (infecção generalizada), com febre, confusão mental, pressão baixa e risco alto de morte, principalmente em pacientes idosos ou com outras doenças que reduzem a imunidade. A confirmação do diagnóstico da infecção urinária é realizada com a urocultura, a qual demora em média 2 dias para ficar pronta. O diagnóstico imediato é sugerido através das queixas do pacientes e do exame simples de urina, que mostra usualmente inflamação (leucócitos na urina). Pacientes sem queixas não devem ter esse exame solicitado, pois não há indicação de tratamento nesses casos, exceto antes de procedimento urológico ou em gestantes.
Quando o paciente apresenta 2 episódios ou mais em 6 meses ou ≥ 3 em 1 ano, caracteriza-se infecção urinaria de repetição, que pode ser associada a diversas condições como diabetes, gestação, idosos, bexiga neurogênica, aumento prostático (hiperplasia prostática benigna), entre outras. Entretanto, na maioria dos casos não se encontra uma causa objetiva, podendo ter relação com características genéticas e ambientais.
Patologias ginecológicas podem apresentar quadro clínico semelhante, sendo necessário muitas vezes consulta com ginecologista nesses casos para descartar doenças como vaginite e uretrite.