Este pode ser dividido em dois. Tratamento da cólica nefrética, onde o paciente deve ser avaliado pelo urologista para decidir sobre o melhor tratamento para a retirada da pedra que está causando a obstrução aguda (quebra com ondas de choque, retirada com uma “cesta” ou aguardar sair espontaneamente), além de analgesia, antieméticos e hidratação em casos associados a vômitos.

A segunda parte do tratamento é realizada com o nefrologista, onde é feita a investigação da causa primária da formação dos cálculos e com orientação dietética (em conjunto com profissional da nutrição) e em alguns casos com medicamentos para a prevenção da formação de novos cálculos. Independente do tipo está indicado aumento na ingesta de líquidos, com quantidade mínima de 2,5 litros por dia, e com ênfase em sucos naturais e frutas, com preferência por melão, limão e laranja. Orientação mais específica depende do distúrbio metabólico encontrado.